前提として
- Rを使う
※ Rのインストールに関しては、門田先生のwebサイトに書かれている。その中で紹介されている、必要最小限のパッケージをインストールしておくと便利
※ エディタにはRstudioが便利 - CELファイルは3' Expression Arrayで取得されたもの
※ 比較的新しい、HTAやGene STで取得されたデータに関しては、oligoというパッケージを用いてデータを抽出する
まずRを起動したら、Rのコンソールで以下のパッケージをインストールする。それぞれのリンク先に、インストールするためのコードが書かれている。特にaffyは注意。
任意の場所にフォルダを作成し、解析したいCELファイルを置く。そして、RのWorking directoryをそのフォルダに設定する。
次に、以下のコードをスクリプトにコピーする。コード内に書かれている「設定項目 (txtファイル名、clsファイル名、phenotype)」を好きに書き換えて実行する。phenotypeは、WTやMUTなどの属性名である。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 | # !!!設定項目!!! output_txt_filename <- "HGU133plus2_XXX.txt" output_cls_filename <- "HGU133plus2_XXX.cls" cls_name <- c("WT", "MUT") # ***終わり*** # ライブラリの確認 require(affy) || stop("Library affy is NOT available") require(stringr) || stop("Library stringr is NOT available") # RMAで正規化し、logスケール化されているのを戻す rma_data <- justRMA() exprs(rma_data) <- 2 ^ exprs(rma_data) rma_mat <- exprs(rma_data) # サンプル名に.CELが含まれていると動作不良になるため外す colnames(rma_mat) <- str_sub(colnames(rma_mat), end = -5) txt_file <- rma_mat # txtファイルの整形 # descriptionは"na"だとなぜか動作不良 name_col <- matrix(data = rownames(txt_file), nrow = nrow(txt_file), ncol = 1) colnames(name_col) <- "NAME" dcrp_col <- matrix(data = 1, nrow = nrow(txt_file), ncol = 1) colnames(dcrp_col) <- "Description" txt_file <- cbind(name_col, dcrp_col, txt_file) # txtファイルを出力 write.table(txt_file, file = as.character(output_txt_filename), col.names = TRUE, row.names = FALSE, sep = "\t", na = "") # clsファイルを作成 cls_file <- matrix(nrow = 3, ncol = ncol(rma_mat)) cls_file[1,1] <- paste(as.character(ncol(rma_mat)), as.character(length(cls_name)), "1", sep = " ") cls_file[2,1] <- paste("#", paste(cls_name, collapse = " "), sep = " ") cls_file[3,] <- colnames(rma_mat) # clsファイルの出力 write.table(cls_file, file = as.character(output_cls_filename), col.names = FALSE, row.names = FALSE, sep = "\t", na = "") |
これで終わりではありません！
最後にclsファイルをexcelなどで開き、個々の細胞名の下に対応するphenotypeを書き入れる。全て入力したら、細胞名の行を削除し、上書き保存する。
以上で、解析に必要なtxtファイルとclsファイルが作成できる、はずである。
(ファイルの場所はCELファイルと同じ)
もしGSEAで動作しなかったらご一報ください。
追記: もし発現データをgctファイルで出力したい場合はこちらをご参考ください。
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