GSEA解析 (データの準備方法 gctファイル編)

GSEA用のデータ解析について、前回の記事では発現データをtxt形式で出力していた。
gctファイルで出力する場合は、以下のコードをご参考いただきたい。

gct & cls ファイル出力用コード

※前提として、Working directoryをCELファイルと同じフォルダに設定することが必要。

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# !!!設定項目!!! output_gct_filename <- "HGU133plus2_XXX.gct" output_cls_filename <- "HGU133plus2_XXX.cls" cls_name <- c("WT", "MUT") # ***終わり*** # ライブラリの確認 require(affy) || stop("Library affy is NOT available") require(stringr) || stop("Library stringr is NOT available") # RMAで正規化し、logスケール化されているのを戻す rma_data <- justRMA() exprs(rma_data) <- 2 ^ exprs(rma_data) rma_mat <- exprs(rma_data) # サンプル名に.CELが含まれていると動作不良になるため外す colnames(rma_mat) <- str_sub(colnames(rma_mat), end = -5) gct_file <- rma_mat # gctファイルの整形 # descriptionは"na"だとなぜか動作不良 name_col <- matrix(data = rownames(gct_file), nrow = nrow(gct_file), ncol = 1) colnames(name_col) <- "NAME" dcrp_col <- matrix(data = 1, nrow = nrow(gct_file), ncol = 1) colnames(dcrp_col) <- "Description" gct_file <- cbind(name_col, dcrp_col, gct_file) head_row <- matrix(nrow = 3, ncol = ncol(gct_file)) head_row[1,1] <- "#1.2" head_row[2,c(1,2)] <- dim(rma_mat) head_row[3,] <- colnames(gct_file) gct_file <- rbind(head_row, gct_file) # gctファイルを出力 write.table(gct_file, file = as.character(output_gct_filename), col.names = FALSE, row.names = FALSE, sep = "¥t", na = "") # clsファイルを作成 cls_file <- matrix(nrow = 3, ncol = ncol(rma_mat)) cls_file[1,1] <- paste(as.character(ncol(rma_mat)), as.character(length(cls_name)), "1", sep = " ") cls_file[2,1] <- paste("#", paste(cls_name, collapse = " "), sep = " ") cls_file[3,] <- colnames(rma_mat) # clsファイルの出力 write.table(cls_file, file = as.character(output_cls_filename), col.names = FALSE, row.names = FALSE, sep = "\t", na = "")

その後の、clsファイルの編集方法は前回と同様である。もし動作しなかったらご一報ください。