GSEA解析 (データの準備方法 gctファイル編)

GSEA用のデータ解析について、前回の記事では発現データをtxt形式で出力していた。
gctファイルで出力する場合は、以下のコードをご参考いただきたい。

GSEA解析 (データの準備方法)

Affymerix社のCELファイルを元にGSEA解析をする際のデータ準備方法について書く。

前提として

• Rを使う
  ※ Rのインストールに関しては、門田先生のwebサイトに書かれている。その中で紹介されている、必要最小限のパッケージをインストールしておくと便利
  ※ エディタにはRstudioが便利
• CELファイルは3' Expression Arrayで取得されたもの
  ※ 比較的新しい、HTAやGene STで取得されたデータに関しては、oligoというパッケージを用いてデータを抽出する

GSEA解析 (結果と解釈)

前の記事で紹介した通り、計算後にSuccessと表示される部分をクリックすると、ブラウザを使って解析結果を見ることができる。

GSEAの結果の一部 (下部に続きがある)

GSEA解析 (実行方法)

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)とは

GSEAは、発現変動している遺伝子(例: Normal vs Drug A treatment で動く遺伝子) と、既知の遺伝子セット(例: Hypoxiaで動く遺伝子の集まり)との一致度を判断する計算方法である。

GSEAの解析例