R：パッケージのアップデート

Rのパッケージをアップデートしたい場合は、Rのコンソールより

.libPaths()

でライブラリの場所を確認する。パッケージがの場所がおそらく複数表示される。
アップデートしたいパッケージが入っている場所を確認し、例えば1番最初の場所だったら

update.packages(.libPaths()[1])

とコマンドする。この操作によって、パッケージを簡単にまとめてアップデートできる。
パッケージごとにアップデートするかどうかを聞かれるのを防ぎたい場合は、以下のオプションを入れると良い。

update.packages(.libPaths()[1], ask = FALSE)

ちなみに、個別にパッケージをインストールする場合は、こちらのページが参考になる。

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また、今回Ubuntu18.04においてパッケージのアップデートを行ったところ、以下のようなエラーが出てインストールが止まった。

In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :　  installation of package ‘plotly’ had non-zero exit status


この原因は、元のフォルダに古いパッケージが残っていることであった。
そこで、以下の手順で解消された。

1) パッケージが置かれている場所の権限を変える。

sudo usermod -a -G staff your_user_name
sudo chown -R your_user_name:staff /user/local/lib/R/site-library

2) 古いパッケージを消す

3) インストールし直す