October 2, 2020

R:fRMAを行う

frozen RMA (fRMA)は正規化方法の一つで、サンプル数が少ない場合にRMAよりも優れるとの報告がある。
この計算も、Rのパッケージを用いて行うことができる。

以下は、遺伝子発現情報を抽出するまでのコードである。frmaのパッケージを読みこんでfrma関数を用いれば完了する。

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6
library(affy)
library(frma)

cel_dat <- ReadAffy()
eset <- frma(cel_dat)
emat <- exprs(eset)

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