R：複数の文字列をgrep関数で探す

こちらのwebページを参考にした。

x <- c("1100", "0010", "1001", "1111")
pattern <- "001|100|000"

grep(pattern, x)
[1] 1 2 3

R：ヒートマップのレイアウト変更

 gplotsでヒートマップを描くとき、layout関数で幅などを変えることができる。

R：ヒートマップで遺伝子名を表示する

Rのヒートマップを描くときに、プローブIDではなくて遺伝子名を表示するコードのメモ。

門田先生のwebサイトを参考にした。

R：fRMAを行う

frozen RMA (fRMA)は正規化方法の一つで、サンプル数が少ない場合にRMAよりも優れるとの報告がある。

この計算も、Rのパッケージを用いて行うことができる。

以下は、遺伝子発現情報を抽出するまでのコードである。frmaのパッケージを読みこんでfrma関数を用いれば完了する。

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library(affy) library(frma) cel_dat <- ReadAffy() eset <- frma(cel_dat) emat <- exprs(eset)

R：ヒートマップを作成する方法

ヒートマップを作成するコードの一つを、忘備録として記す。

いつもながら、working directoryの場所にご注意いただきたい。今回の場合は、CELファイルが置いてあるファイルに設定している。

R：計算が強制終了するときの対処法

 Rで高負荷な計算を行った際に、以下のようなエラーが出て計算が止まってしまった。

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

この問題には、こちらのサイトを参考にして対処した。

具体的には、まずターミナルを開いて以下のコマンドを実行する。

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

そして、(自動的に)開かれた文書に

R_MAX_VSIZE=100Gb 

と入力して保存する。

以上の操作によって解決した。