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データベース一覧

追加事項

(10/9/2021) 「4. 疫学関連」にcellosauruseを追加、「５．バイオインフォマティクス全般」の項を追加

(8/9/2021)   「4. 疫学関連」にDRIVE DATA PORTALを追加

(8/9/2021)   「CCLE」はDepMapに統合されたため、削除線を引きました
(10/7/2020) 「4. 疫学関連 」にサイト(Cell Model Passport)を追加
(22/5/2020) 「1. 塩基配列関連 > 遺伝子発現 」、「4. 疫学関連 > 生存率分析」にサイトを追加

(21/5/2020) 「2. タンパク質関連 > メタボローム関連」、「4. 疫学関連 > 生存率分析」の項を追加

1. 塩基配列関連

DNA/RNAseqなど

以下の3箇所は、塩基配列に関する一次データを受け入れて公開している。これらのデータはSRA (NCBI)に統合され、まとめて検索しやすくなっている。

• DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
• ENA (EMBL-EBI)
• GenBank (National Center for Biological Information)

遺伝子発現 

• ArrayExpress (EMBL): マイクロアレイ
• GEO (NCBI): マイクロアレイ
• Ensemble (EMBL): 遺伝子とアノテーション
• miRBase: microRNAとアノテーション
• LINCipedia: non-coding RNA (lncRNA)とアノテーション
• CellMiner: NCI-60などのデータと分析
• CCLE (Broad): がん細胞株のmRNA/マイクロアレイデータなど
  ※DepMapに統合されました

その他

• GeneCards: 遺伝子
• RefSeq (NCBI): DNA/RNA/タンパク質などの塩基配列
• 1000 Genomes Project: 世界の26集団からの2500人以上のゲノムデータ (全ゲノム塩基配列、エキソーム、マイクロアレイ) を含むデータベース
• recount2: TCGAとSRA (GTExを含む)から取得された70,000のRNAseqデータ

2. タンパク質関連

アミノ酸/タンパク質関連

• UniProt: アミノ酸配列
• Pfam: アミノ酸配列や構造 (ex. COVID-19)
• InterPRO (EBI): アミノ酸配列ドメイン
• PROSITE: アミノ酸配列ドメインや機能 (ex. COVID-19)
• The Human Protein Atlas: タンパク質発現や機能
• RBPDB: RNA結合タンパク質
• PhosphoSitePlus®: タンパク質修飾 (リン酸化、アセチル化など)

タンパク質立体構造

• wwPDB
• SCOP2
• CATH

メタボローム関連

• Metaboanalyst: メタボライトの探索的解析やエンリッチメント分析など

3. パスウェイ

• DAVID: GO解析、パスウェイ
• Metascape: GO解析、パスウェイ
• KEGG: パスウェイ
• Reactome: パスウェイ
• Enrichr: エンリッチメント

4. 疫学関連

• Cell Model Passports (Sanger): がん関連の包括的なデータベース
• COSIC (Sanger): 変異とがんとの関連など
• oncomine: がんと正常組織の発現比較
• ExPASy - Cellosaurus: 細胞株の情報
• DepMap: ターゲット遺伝子に関する、がん細胞株の依存度
• DRIVE DATA PORTAL: がん細胞株の依存度(shRNA)
• OMIM: 遺伝病
• dbSNP (NCBI): バリアント
• gnomAD (Broad): バリアントや遺伝子を15,000+人の全ゲノムデータにあてる
• LINCS: 薬剤、環境、変異による細胞への影響
• ClinicalTrials.gov: 個別の治験に関する情報

生存率分析

• KM plotter: 21のがん種に関連する5.4万の遺伝子(GEO, EGA, TCGAから取得)を元に生存曲線を生成
• UALCAN: TCGAとMET500のデータ分析を助けるサイト
• prognoscan: GEOデータの表示と、それを元にしたKM曲線の生成
• The Human Protein Atlas: Pathologyの項目でKM曲線を生成 (2.  タンパク質関連参考)
• The Cancer Proteome Atlas: がん種ごとに高/低発現で生死を分ける遺伝子の一覧
• xena: TCGAのデータを元に直感的にKM曲線を生成。フィルタリングしやすい
• その他、生存率分析に関する様々なwebサイトがこのページにて紹介されている

5. バイオインフォマティクス全般

• TogoTV (dbcls.jp): バイオインフォマティクスツールの使い方など
• Expasy (SIB Swiss Institute of Bioinformatics): SIBが開発したバイオインフォマティクスツールのポータル