Chipsterを用いてマイクロアレイ解析 (正規化・QC)

Chipsterとは

ChipsterはフィンランドのCSC – IT Center for Science社によって開発された、NGSやマイクロアレイを解析するソフトウェア。

利用方法は大まかに二通りある；

• Chipsterのサーバーをローカルにセットアップする。この場合は、サービスを無料で利用できる。
• セットアップするPCの推奨スペック；
• 16 GB RAM
• 500 GB storage
• 2 CPU cores
• CSCのChipsterサーバー@フィンランドを利用する
• 大学やNPO所属の場合、無料で三週間利用できるアカウントを取得できる
  また、長期間利用の場合は、1年間使えるアカウントを500ユーロで取得できる

Databases

データベース一覧

追加事項

(10/9/2021) 「4. 疫学関連」にcellosauruseを追加、「５．バイオインフォマティクス全般」の項を追加

(8/9/2021)   「4. 疫学関連」にDRIVE DATA PORTALを追加

(8/9/2021)   「CCLE」はDepMapに統合されたため、削除線を引きました
(10/7/2020) 「4. 疫学関連 」にサイト(Cell Model Passport)を追加
(22/5/2020) 「1. 塩基配列関連 > 遺伝子発現 」、「4. 疫学関連 > 生存率分析」にサイトを追加

(21/5/2020) 「2. タンパク質関連 > メタボローム関連」、「4. 疫学関連 > 生存率分析」の項を追加